configure.ac/Makefile.am の書き方が悪いのかどうかわからないが、インストールしたら実行形式バイナリファイルから .exe がなくなって、拡張子なしで (ダミーのルートディレクトリに) インストールされてしまうことがある。
.exe がなくなってしまうと、__prepstrip の処理で strip されなくなってしまい、パッケージにした場合に実行形式バイナリファイル内にシンボルが残って、サイズが大きくなってしまう。
この問題が発生した場合はインストールプログラムとして、デフォルトの /bin/install ではなく ${S}/install-sh を使うようにすると解消することができる。
src_install() { cd ${B} cyginstall INSTALL="${S}/install-sh -c" }